構造解析プログラム一覧
* BALBES [#fea15a0d]
#classdiv(spec)
|~最新版|1.0.0 / 2009年6月24日 |
|~最新版|1.1.4 / 2011年3月14日 |
|~対応OS|Linux, MacOS|
|~種別 |Model replacement |
|~公式サイト|http://www.ysbl.york.ac.uk/~fei/balbes/|
#classdiv(end)
CCP4のプログラムなどを使い、モデルサーチからの分子置換手順を自動で行ってくれます。あまりにも簡単なので公式ページにあるマニュアルはものすごく短いです。~
CCP4 6.1.0からCCP4パッケージに標準導入され、CCP4iからの使用はMTZの指定と配列情報の指定だけで実行してくれます。一つ難点を挙げると言えばインストール時のデータベースがデカい！ このデータベースのためにCCP4パッケージのダウンロードサイズがかなり増えたと行っても過言ではないでしょう(^^;。~
実際の検索はMOLREPを使うようで処理自体は結構早い気がします。MTZと配列情報だけで流しておけばいいのでとりあえず流しておくっていうのがいいかもしれません。私が試したときは3.2Åのかなり悪いデータで3時間ほど(Pentium Dual-Core 1.8GHz)で解を見つけてくれました(別のモデルを使って解けてしまったので結局そっちを使いましたが・・・)。
:2009-06-24 -- 1.0.0が出てます|
CCP4パッケージのBALBESの新バージョンがリリースされたようです。~
CCP4BB([[new version of automatic molecular replacement system>https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=ind0906&L=CCP4BB&T=0&F=&S=&P=171872]])によると、
- Ensembles (pseudo-NMR models)が自動生成されるようになった(ローカルドメインごとに作成？)
- Protein-Protein複合体の組み立てが大幅にパワーアップ！
- マルチドメインタンパクの取り扱いが大幅に向上！
- 点群の中で空間群が不確かな場合、それぞれの空間群で処理。必要ならリインデックスするよ
** 関連ページ [#m49333ca]
- [[インストール>./インストール]] -- CCP4 6.1.2へVer.1.0.0の追加インストール
- 使い方
** 引用文献 [#n93c40b6]
F.Long, A.Vagin, P.Young and G.N.Murshudov~
BALBES: a Molecular Replacement Pipeline~
Acta Cryst. D64 125-132(2008)
** 外部リンク [#b3bef1cf]
- 公式サイト -- http://www.ysbl.york.ac.uk/~fei/balbes/
