* The CCP4 program suite[#a6cc33e2]
#classdiv(spec)
|~最新版|6.1.1 / 2009年3月23日(随時アップデート)|
|~最新版|6.1.2 / 2009年8月13日(随時アップデート)|
|~対応OS|Linux, MacOS, Microsoft Windows|
|~種別 |Program suite |
|~公式サイト|http://www.ccp4.ac.uk/|
|>|CENTER:&ref(ccp4.png,nolink);|
#classdiv(end)
CCP4サイトより
>The CCP4 program suite is a collection of disparate programs covering most of the computations required for macromolecular crystallography. They have been collected and developed under the auspices of the Collaborative Computing Project Number 4, in Protein Crystallography, supported by the UK Science and Engineering Research Council (serc) since 1979 and currently the Biotechnology and Biological Sciences Research Council (bbsrc), and coordinated at Daresbury Laboratory. The Project aimed to support collaboration between those working on such software in the UK, and to assemble a comprehensive collection of it to satisfy the computational requirements of the relevant UK groups. The results of this effort are also made available for distribution to academic and commercial users outside the UK. The distribution, described herein, is often loosely referred to as `CCP4', but is properly `The CCP4 Suite'.
って事らしいです。~
結晶構造解析最強(?)のプログラムスイート。CCP4iというGUIを備えたプログラムもあり以前に比べてかなり簡単に使えるようになっています。単純な使い方をするならインプットファイルを記述する必要はありません。達人はインプットファイルを使う方が楽かもしれませんが。~
これらのプログラムを全部使いこなしたら・・・すごいかも。
** 6.1が出た！ [#y7dbd7a7]
2年ぶりのメジャーバージョンアップとなるCCP4 6.1がリリースされました(2008-12-16)。CCP4iのインタフェースも多少変わり、またまた使いやすくなったのかな。相変わらずダウンロードサイズは大きく、今回のバージョンから新たに加わったBALBES用DBなどもダウンロードすると1GBを超えてしまいます。
*** 変更点など [#w54814ec]
以下のようなプログラムが増えているようです。詳しくはCCP4の[[CHANGES>http://www.ccp4.ac.uk/html/CHANGESinV6_1.html]]をどうぞ。
- データ処理
-- iMOSFLM -- MOSFLMインタフェース
-- XIA2 -- 自動データ処理(簡単でしたがGUIが追加されますます簡単に・・・)
- 分子置換
-- BALBES -- シークエンスを入れればモデルを探し解を探します(これも簡単)
-- MrBUMP -- PHASERとMOLREPを駆使して解を探します
- モデルビルディング
-- BUCCANEER -- 低分解能でもモデルを組んでくれるというハナシ
-- ARP/wARP -- ついに標準インストールされるようになりました
- その他
-- ClustalWインタフェース
他にもいろいろ増えてるような気もしますが、私が普段使っていて関連がありそうなものはこんなところです。その他、これまでに収録されていたプログラムもバージョンアップされているようです。~
時代の流れとしてますます自動化用のプログラムが増えてきました。自動処理を流しながら並行して解析をするという手法が標準になりそうですね。
*** 気をつけること [#ibe77817]
CCP4 6.1.xは開発が早くなった分バグの混入が多い気がします。もう少しバージョンナンバーが増えればバグも消えてくるとは思いますが・・・おいおいこんな段純なプログラムが何で動かんねん、って思ったときは[[CCP4 Known Problems>http://www.ccp4.ac.uk/problems.php]]をチェックしてみましょう。
** 関連ページ [#t5b68905]
- [[インストール>./インストール]]
- CCP4を使ってみよう
- [[CCP4iタスクタイトルの日本語対応>./CCP4iタスクタイトルの日本語対応]]
** 外部リンク [#o9d25415]
- 公式ページ -- http://www.ccp4.ac.uk/
-- CCP4 Wiki -- http://ccp4wiki.org/
-- CCP4BB(CCP4メーリングリスト) -- http://www.jiscmail.ac.uk/lists/ccp4bb.html
