構造解析ことはじめ/03 プログラムのインストール
[[CNS]]
#norelated
#floatcontents
* CNSのインストール [#a31f808e]
** リリース情報など [#oa84adf7]
- 2010-07-23：1.3がリリースされています。1.21とはいろいろ変わったらしく(^^;、処理時間がだいぶ伸びています。インプットファイルも互換性がありません。
- 2010-03-26：Intel Compiler ver.11.1のIntel64版でビルドしてみました。32bit版と同様のビルド方法で非OpenMP版は問題なく動作しました。VirtualBox上でOpenMP版はベンチマーク確認時、途中でセグメントエラーになりましたが、実機では試してません。
- 2009-07-21：Intel Compiler ver.11.1でOpenMP版をビルドしてみました。ビルド方法は11.0と同じです。ベンチマーク結果は11.0とほとんど変わりませんでした(1%速くなりましたが、誤差でしょう&huh;)
- 2008-12-19：Intel Compiler ver.11でコンパイルしたCNSをしばらく使っていますが、ver.10でコンパイルしたものより快調な気がします。以前は''cns < refine.inp | tee refine.log''では落ちることがありましたが([[並列化版の難しさ>#o3608a42]]を参照)、今のところそのようなことはないようです。
- 2008年11月頃Intel Compiler ver.11がリリースされていました。ver.11でコンパイルしたOpenMP対応版CNSではver.10ではスタックサイズでSegmentation faultを起こした条件でも、設定変更なしに処理できるようになりました。スタックの扱いが変わったのかもしれません(たぶん)
- 2008年8月頃(だと思われます)に1.21がリリースされていました。OpenMPに対応したらしいのでマルチプロセッサ環境では動作が速くなるかもしれません。
-- どぶお註：実際にOpenMPの恩恵を受けるためにはコンパイル時と実行時にオプションが必要になります(Dual coreで計算時間は約3/4になりました) -- 2008-10-22
- 2007年1月中旬に1.2がリリースされました。1.1とはインプットファイルに互換性がないので注意！！
- http://cns-online.org/v1.3/ -- Ver.1.3
- http://cns-online.org/v1.21/ -- Ver.1.21
- http://cns-online.org/v1.2/ -- Ver.1.2
- http://cns-online.org/v1.1/ -- Ver.1.1
** CNS 1.3/1.21のインストール -- &Vine4; &Vine5; &CentOS5; [#d7d37987]
- 2010-09-14 : CNS 1.3も1.21と同様の手順です。OpenMP対応にする場合も同様にEXT_フラグをセットして下さい
- 2010-03-16 : CNS 1.21はIntel Compiler 11.1のIntel64版も同じ手順でビルド可能でした
- CNS 1.2以降のバージョンではIntel CompilerがサポートされているのでIntelCompiler用パッチは不要になりました。
- CNS 1.1の時のcns_solve_env、xpeakpik.fへのパッチは不要になりました。
-- Ver.1.1で見られたcns_solve_envの問題、ソースを確認したところxpeakpik.fの不具合は修正されていました。
*** 注意点 [#bffff354]
:CentOS 6.4で''ld: cannot find -lm''エラーが出る -- 2013-07-13|
CentOS 6.4(64bit)でインストールを試したところ以下のエラーが出ました。
...(省略)
make default
ifort -o PSmapx -O -w PSmapx.f -static
ld: cannot find -lm
make[4]: *** [PSmapx] エラー 1
make[3]: *** [utils] エラー 2
make[2]: *** [compile-utils] エラー 2
make[1]: *** [utils] エラー 2
...(省略)
これはlibm.a(mathのスタティックライブラリ)が不足している場合に起こるようです。この場合''glibc-static''をインストールします。
# yum install glibc-static
これで問題は解決されるようです。
- 参考 -- http://uklifememo.blogspot.jp/2011/06/lm.html
*** インストール [#jbf23209]
- CNS 1.1のインストール記録
-- [[1.1をVine 3.2にインストールする>./1.1]]
-- [[1.1を64bit Linuxへインストールする>./1.1-64bit]]
- 本体インストール後、インプットファイルを作成するための[[Webインタフェースもインストールできます>./Webインタフェース]]
インストールは1.1に比べて非常に簡単になりました。~
rootでの作業になりますが、cns_solve_envがcsh用スクリプトなのでtcsh上で行います。
+ /usr/local/以下にcns_solve_1.21_all.tar.gzを展開します。
-- &color(red){''マルチコア、マルチプロセッサならcns_solve_1.21_all-mp.tar.gzを試してみるのもいいかも''};
+ /usr/local/cns_solve_1.21/cns_solve_envを修正します
+ コンパイルします
以下は実際のコマンドです。コンパイルにIntel Compilerを検索しますのでifortvars.cshをあらかじめ読み込んでおいてください。CNSはIntel Compilerで最適化されるらしく、相当速くなりますのでIntel Compilerの利用をおすすめします。
*** /usr/local/cns_solve_1.21にファイルを展開 [#k5da4be7]
# tcsh
# cd /usr/local
# tar zxvf cns_solve_1.21_all-mp.tar.gz
# cd /usr/local/cns_solve_1.21
*** cns_solve_envの編集 [#m1f1cf1e]
# vi cns_solve_env <-- 18行目のCNSの場所を指定します
cns_solve_envを編集。通常は、
18 setenv CNS_SOLVE '_CNSsolve_location_'
の'''_CNSsolve_location_'''を環境に合わせて修正します。
18 setenv CNS_SOLVE '/usr/local/cns_solve_1.21'
*** コンパイル [#y6bd2d65]
:&color(red){''無難なインストール''}; -- 非OpenMP;シングルスレッド版|
CNS 1.2の時はIntel Compiler ver.9でビルドしましたが、今回(1.21)はver.10.1および11.0を使ってみました。ここに示してある方法ではマルチスレッド対応版はビルドされません。下のOpenMP有効化を参照して下さい。~
&color(red){''なお、Intel Compiler ver.11ではsourceのコマンドが変わっています。手元の環境に合わせてsourceコマンドを実行してください。''};
# tcsh (tcshで作業)
# source /opt/intel/cc/10.1.015/bin/iccvars.csh (Ver.10 C++環境設定)
# source /opt/intel/fc/10.1.015/bin/ifortvars.csh (Ver.10 Fortran環境設定)
# source /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/iccvars.csh ia32 (Ver.11 C++環境設定)
# source /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.csh ia32 (Var.11 Fortran環境設定)
# source cns_solve_env
# make install
これで終わりです。
:&color(red){''OpenMP有効化'' -- マルチスレッド版(使用時に注意事項あり)};|
&color(red){''Intel Compiler 11.0以上推奨''};~
コンパイルするときにOpenMPを有効にしないと並列化機能が有効になりません。上のやり方でコンパイルしたものでは処理時間が1.2と変わらなかったのでちょっと攻めてみました。~
同じ条件で非OpenMPのものと計算時間で比べたとき、前者は20分、後者は15分でした(Pentium dual-core 1.8GHzのとき)。4コアで実行した場合は計算時間が約半分になるようです。~
Intel Compiler ver.10でもコンパイルできますがver.11のほうがOpemMP動作が安定しているような気がしました。
# tcsh
# source /opt/intel/cc/10.1.015/bin/iccvars.csh (Ver.10 C++)
# source /opt/intel/fc/10.1.015/bin/ifortvars.csh (Ver.10 Fortran)
# source /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/iccvars.csh (Var.11 C++)
# source /opt/intel/Compiler/11.0/074/bin/ifortvars.csh (Var.11 Fortran)
# source cns_solve_env
# setenv EXT_F77FLAGS "-openmp -ip" <-- FORTRAN最適化オプション (Ver.10, 11共通)
# setenv EXT_LDFLAGS "-openmp -ip" <-- リンカオプション (Ver.10, 11共通)
# make install
これでビルドできるはずです。~
しかし、''ver.10でビルドした''OpenMP版は実行する際に少し設定がいります。スタックサイズがディフォルトでは小さいようなので(小さいとSegmentation Faultが出ます)、増やしてからCNSを実行します。ただ、私の場合は750残基x3で試したからかもしれません。~
Intel Compiler Ver.11でコンパイルしたCNSでは同じ条件でも最後まで処理できましたのでこの設定は必要ないのかもしれません。&color(blue){基本的にはVer.11でコンパイルしたCNSをスタックサイズの設定なしで問題なく使用できるようですが、処理の内容によってはクラッシュすることがありました。その際はスタックサイズの調整を行ってみてください(私の環境では200残基x6@2.7Åのanneal.inpで発生しました)。};~
スタックサイズを増やしてもSegmentation Faultを起こす場合は、無難なインストールで使ってください。
スタックサイズを増やしてもSegmentation Faultを起こす場合は、無難なインストールで使ってください。スタックサイズをunlimitedにすると気にせず使えそうです。
% limit stacksize unlimited
% cns < refine.inp | tee refine.log
- 以前はスタックサイズを指定していました(unlimitedの方が楽だと思います)
% limit stacksize 16384
% cns < refine.inp | tee refine.log
スタックサイズの導き方はトライ＆エラーになるらしいので目安ですが、私の場合は1コアあたり8192で計算してます。つまり、4コアなら32768ですね。
- 参考：[[自動並列・OpenMP 並列実行時の Segmentation fault の対処法>http://www.softek.co.jp/SPG/Pgi/TIPS/opt_para.html#segfault]]
** 使用準備 [#e3f3dbf4]
インストールが終了したら使用するユーザーの.cshrcファイルに以下の行を追加しておきます。
# for CNS
source /usr/local/cns_solve_1.21/cns_solve_env
* 並列化版(OpenMP対応版) CNSを使ってみる [#z38bf76d]
** 通常版と並列化版の見分けかた [#da9ccd68]
OpenMPオプションを付けた場合と付けなかった場合はCNSを実行した場合にわかります。CNSを実行したときの表示で、
% cns
:通常版(並列処理なし)|
============================================================
Running on machine: bix07 (Linux,32-bit)
Program started by: dobuo
Program started at: 15:49:17 on 22-Oct-2008
============================================================
:並列化版|
============================================================
Running on machine: bix07 (Linux,32-bit)
with 4 threads
Program started by: dobuo
Program started at: 15:49:39 on 22-Oct-2008
============================================================
ホスト数の次の行にwithでスレッド数が表示されているのがわかります。何らかの理由でスレッド数を制限したい場合は環境変数''OMP_NUM_THREADS''に最大のスレッド数を指定します。
% setenv OMP_NUM_THREADS 2
するとwithの値が変わります。
** 通常版と並列化版の計算時間の差 [#o9914eeb]
参考までに。750残基x3で分解能3.6A、refine.inpを実行しました。
|CPU |通常版 |並列化版(スレッド数)|h
|~Pentium Dual-Core 1.8GHz|CENTER:20分|CENTER:15分(2) |
|~Core2 Quad 2.4GHz |CENTER:15分|CENTER:10分(4) |
|~Core i7 940 2.93GHz | |CENTER:7分(8) |
4スレッドでも思ったほどの高速化はありませんでしたね。ただ、Composite Omit Mapの場合はかかる時間が長いのでメリットが大きいかもしれません(概算になりますが、CPU時間と実際にかかった時間を比べると1/3程度になってました。CPU時間が5時間、実際にかかった時間は1.5時間)。計算の実行途中でtopコマンドを見てみるとcnsプロセスが複数または100%を超えているのがわかります。~
** 並列化版の難しさ [#o3608a42]
Intel Compiler 11だとスタックサイズの設定等をしなくても安定しています。Intel Compiler 10でビルドしたものを使っていて、よく落ちる方は試してみては？
*** Segmentation faultする [#va01943e]
スタックサイズの上限を増やしておかないとこんな感じでSegmentation faultします。
OMP abort: Unable to set worker thread stack size to 8389632 bytes
Try reducing KMP_STACKSIZE or increasing the shell stack limit.
この時は、limitコマンドでスタックサイズを増やしてみてください。
*** スタックサイズを増やしたのに停止する [#ba240f1b]
しかし、スタックサイズを32MBぐらいにしても(ってむちゃくちゃなスタックサイズですが)Segmentation faultで停止することがあります。
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image PC Routine Line Source
. 00110416 Unknown Unknown Unknown
cns 08766713 Unknown Unknown Unknown
libpthread.so.0 0067650B Unknown Unknown Unknown
libc.so.6 005B7B2E Unknown Unknown Unknown
落ちないときもあるので謎なのですが・・・~
ちょっと調べてみたところ、原因が同じかどうかはわかりませんが、[[CCP4 WikiのCNS>http://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/ccp4wiki/index.php/CNS]]に以下の記述がありました。
>It was reported that due to an operating system bug in Mac OSX 10.5.x, the program may crash with
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image PC Routine Line Source
cns_solve 003548DF Unknown Unknown Unknown
cns_solve 00339FBB Unknown Unknown Unknown
cns_solve 000F62EC Unknown Unknown Unknown
Stack trace terminated abnormally.
Imageが違いますが、エラー番号(174)が同じなので原因は同じかもしれません。それと''may'' crashなのでうまく走ることもあるというニュアンスなら、たしかに最後まで走ったり走らなかったりします。
>This may occur if you are running the program with input redirection, but without output redirection, i.e.,
cns < test.inp
と。私は通常''cns < test.inp | tee test.log''のようにパイプを通してteeに流してますが、リダイレクトしているわけではないので同じ現象かもしれません。とりあえず、
>and the input file contains one ore more blank lines.~
As a possible remedy, try:
cns < test.inp > test.out
と書いてあるので、そのようにしてみるとよいのかも。
