PDBCUR -- CCP4 supported program
PDBファイルの情報操作、統計などを行う。Culation toolと呼ぶらしい。
このページではPDBCURでのAtom selectionについてメモします。
原子選択構文 -- Atom selection syntax
原子を選択する際に使う構文。NCONTでも使用されます。私はNCONTで使う機会の方が多いですが・・・
- 例
/mdl/chn/s1.i1-s2.i2/at[el]:aloc または
/mdl/chn/*(res).ic/at[el]:aloc
構文中にスペースは入れられません。スラッシュはモデル、チェーン、残基、原子の階層を区切っています。つまり・・・
/モデル/チェーン/残基/原子
となってるわけですね。
- 解説
識別子 内容 ディフォルト 例 mdl モデル番号 * * chn チェーンIDまたはIDのリスト * A,B,C s1,s2 対象となる残基番号の範囲 * i1,i2 挿入コード(Insertion code;iCode) * * res 残基名またはリスト * ALA,SER at 原子名またはリスト * CA,N1,O el 原子種名またはリスト * C,N,O aloc オルタネイティブ指示子(altLoc)名またはリスト 注１ A,B,C 注１：原子名または原子種を指定したときは""。それ以外は*
なお、iCodeおよびaltLocに""を指定した場合はiCode,altLocを持つレコードはスキップされるので注意！
- 例
- PDBCURのドキュメントに以下の例文がありました。参考までに載せておきます。
例文 内容 * select all atoms /1 select all atoms in model 1 A,B select all atoms in chains A and B in all models /1// select all atoms in chain without chainID in model 1 /*/,A,B/ select all atoms in chain without chainID, chain A and B in all models 33-120 select all atoms in residues 33. to 120. in all chains and models A/33.A-120.B select all atoms in residues 33.A to 120.B in chain A only, in all models A/33.-120.A/[C] select all carbons in residues 33. to 120.A in chain A, in all models CA[C] select all C-alphas in all models/chains/residues A//[C] select all carbons in chain A, in all models (!ALA,SER) select all atoms in any residues but ALA and SER, in all models/chains /1/A/(GLU)/CA[C] select all C-alphas in GLU residues of chain A, model 1 /1/A/*(GLU)./CA[C}: same as above [C]:,A select all carbons without alternative location indicator and carbons in alternate location A
